São Tomé và Príncipe được chia làm 2 tỉnh: Príncipe, São Tomé.

Tỉnh São Tomé là tỉnh được tạo thành từ các đảo ở Đại Tây Dương nằm gần xích đạo của São Tomé và là nơi đông dân nhất với dân số được ước tính trong năm 2004 là 133.600 người trong tổng số 139.000 người dân cả nước.

Tỉnh Príncipe bao gồm các đảo nhỏ của Príncipe. Diện tích khoảng 142 km² và dân số được ước tính là khoảng 5.400 người. Príncipe đã tự trị kể từ ngày 29 tháng 4 năm 1995.

Hai tỉnh Príncipe và São Tomé được chia thành bảy huyện. Sáu đang nằm trên đảo chính São Tomé trong khi một huyện bao gồm các đảo nhỏ của Príncipe.

Bảy huyện là:

1. Água Grande (São Tomé)
2. Cantagalo (Santana)
3. Caué (São João dos Angolares)
4. Lembá (Neves)
5. Lobata (Guadalupe)
6. Mé-Zóchi (Trindade)
7. Pagué (Santo António)